En el Museo Eclesiástico se encuentran reunidas numerosas reliquias eclesiásticas de Nisyros que proceden principalmente del Monasterio de  Panagia Spiliani  y su parroquia  Panagia Potamitisa.

El museo consta de dos áreas principales con exhibiciones de excepcional interés. Cuenta con abundante material que incluye desde velas antiguas, cáliz, incienso y utensilios eclesiásticos, hasta evangelios antiguos de principios del siglo XIX, relicarios, cruces, vestiduras y sellos antiguos.

También cuenta con una gran colección de monedas y billetes del óbolo de los fieles, griegos y extranjeros, así como diversos homenajes y votos principalmente a Panagia Spiliani.

Otros elementos que se han recogido y expuesto en el Museo Eclesiástico de Nisyros están relacionados con los sacramentos eclesiásticos, como antiguas piscinas, adornos nupciales y nupciales nisirios o cántaros nupciales que las novias lavaban antes del sacramento. También se presentan diversos elementos relacionados con la festividad de Panagia Spiliani, como calderos antiguos que cocinaban revithada y platos de barro en los que se servía al mundo.

Además, el museo alberga una colección de iconos del siglo XIX y principios del XX y una copia de  iconostasio de mármol  que tenía Panagia Spiliani.