Οι άφθονες θερμές πηγές είναι ένα άλλο ιδιαίτερο χαρακτηριστικό της Νισύρου. Σε πολλά σημεία κατά μήκος των ακτών του νησιού αναβλύζει ζεστό νερό (από 30 εως 60 βαθμούς).

Πρόκειται για ανάμειξη θαλασσινού και βρόχινου νερού με τα γεωθερμικά ρευστά του ανώτερου θερμού ορίζοντα.

Οι πιο γνωστές πηγές είναι: των Λουτρών 1500 μέτρα βόρεια από το Μανδράκι και της Θερμιανής βόρεια άκρη του χωριού των Πάλων. Και τα δύο κατατάσσονται στις "ιαματικές υδροθειούχες αλιπηγές".

Μια τρίτη γνωστή θερμή πηγή είναι του Αυλακιού.