Η Νίσυρος έχει έντονη βυζαντινή παρουσία, με παλαιοχριστιανικές βασιλικές και με εξωκλήσια διάσπαρτα σ' όλο το νησί, με περίφημες τοιχογραφίες που παρουσιάζουν ιδιαίτερο αρχαιολογικό και τουριστικό ενδιαφέρον. Η προσπέλαση στα εξωκλήσια αυτά γίνεται από γραφικά λιθόστρωτα μονοπάτια.
Στη Νίσυρο βρίσκουμε επίσης πολλά και σημαντικά μοναστήρια:

 Το μοναστηριακό συγκρότημα του Σταυρού, που βρίσκεται στο ύψωμα του δυτικού τμήματος της κοιλάδας του Λακκιού (Ηφαίστειο) και γιορτάζει στις 14 Σεπτεμβρίου.

 Το Μοναστήρι της Παναγίας της Κυράς βρίσκεται σε περιοχή εξαιρετικής αρχαιολογικής σημασίας. Γιορτάζει στις 23 Αυγούστου.

 Το Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στο χωριό Νικειά και γιορτάζει στις 26 Σεπτεμβρίου.

 Σημαντικό είναι το Μοναστήρι της Ευαγγελιστρίας, που απέχει μόλις 4 χλμ από το Μανδράκι, γιορτάζει την Τρίτη της Λαμπρής.

 Τo σημαντικότερο Μοναστήρι είναι αυτό της Παναγίας της Σπηλιανής, χτισμένο μέσα σε ένα βράχο που δεσπόζει πάνω από το Μανδράκι. Ο κυρίως ναός της Παναγίας της Σπηλιανής τιμάται στο όνομα της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, ενώ το παρακείμενο παρεκκλήσι στο όνομα του Αγίου Χαραλάμπους. Περίφημη είναι η εικόνα της Παναγίας της Σπηλιανής και αξιοθαύμαστα οι τοιχογραφίες και τα πλούσια αφιερώματα σε ασήμι και χρυσό. Επίσης σημαντική είναι η πλούσια συλλογή εκκλησιαστικών κειμηλίων και η βιβλιοθήκη με σπάνιες εκδόσεις. Η Παναγιά η Σπηλιανή αποτελεί το θρησκευτικό σύμβολο του νησιού, ενώ το πανηγύρι που διοργανώνεται 14 και15 Αυγούστου συγκεντρώνει κόσμο από όλα τα Δωδεκάνησα.